・富岡城的建造源起於關原之戰的戰功而配享天草領地的寺澤廣高，並建於1602年（慶長7年）左右，成為統理天草的據點。
・隨後，由於寺澤與富岡城的輪值看守對吉利支丹的鎮壓、天候惡劣與收成不好而持續苛徵賦稅等因素，於1637年（寛永14年）引發島原・天草起義，天草的義勇軍攻打富岡城，屢攻不克，之後來到島原。
・起義結束後，山崎家治成為天草的領主，修復富岡城，歷經鈴木代官的時代，戸田忠昌為了減輕天草領地人民對富岡城維修的負擔，而拆毀本丸、二之丸，只留下三之丸，就離開天草。
・此後，直到明治維新，天草成為皇室領地，將富岡城的三之丸作為代官所，成為統理運作天草的根據地。
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