・富冈城由寺泽广高从1602年（庆长7年）前后开始建造，寺泽广高凭借关原之战的战功获得了天草作为其领地，遂建此城作为其统治天草的根据地。
・之后，在寺泽氏和富冈城番代镇压吉利支丹、在气候恶劣和歉收的情况下仍持续征收重税等因素的影响下，1637年（宽永14年），爆发了史称“岛原·天草一揆”的农民起义，天草的起义军攻打富冈城但未能成功，去了岛原。
・起义结束后，山崎家治成为天草领主，修筑了富冈城，经历了铃木代官的时代之后，户田忠昌为了减轻维护修缮富冈城给天草领民造成的负担，拆除了本丸和二之丸，仅留下三之丸，并离开了天草。
・在那之后，直到明治维新，天草都由幕府直辖，将富冈城三之丸设为代官所，作为治理天草的根据地发挥了作用。
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