・도미오카성은 세키가하라 전투에서 공을 세워 아마쿠사 영지를 분할 받은 데라자와 히로타카가 지은 성으로, 1602(게이초 7)년경부터 아마쿠사 지배를 위한 본거지로서 축조되었다.
・그 후 데라사와 씨, 도미오카성 반다이(지방 보위 장관직)가 행한 그리스도인 탄압, 일기불순과 흉작 등 악재가 지속되는 가운데서도 엄격한 징세 등의 요인으로 인해 1637(간에이 14)년에 시마바라・아마쿠사 무장 봉기가 일어났다. 아마쿠사 봉기군은 도미오카성을 공략했으나 끝내 공략에 성공하지 못해, 시마바라로 건너갔다.
・무장 봉기 종결 이후, 야마자키 이에하루가 아마쿠사 영주가 되면서 도미오카성을 보수 건축하여 스즈키 다이칸의 시대를 거친 다음 도다 다다마사가 도미오카성을 유지 복구시키기 위한 아마쿠사 영지 주민의 부담을 경감시켜주고자 혼마루・니노마루를 피각(破却)하고 산노마루만을 남겨둔 채 아마쿠사를 떠났다.
・그 후 메이지 유신 때까지 아마쿠사는 막부 영지가 되었고 도미오카성 산노마루가 다이칸쇼(막부 직할 사무소)로 정해졌다. 도미오카성은 아마쿠사 지배의 본거지로서 기능을 했다.