・Ce château a été construit par Terazawa Hirotaka en 1602 afin de gouverner Amakusa. Ce seigneur avait reçu le domaine d’Amakusa en récompense de ses faits d’armes pendant la bataille de Sekigahara.
・Plus tard, la répression des chrétiens et le recouvrement brutal des taxes par la famille Terazawa et les seigneurs de Tomioka, combinés au mauvais temps et aux mauvaises récoltes, provoquent la rébellion de Shimabara-Amakusa en 1637. Les troupes rebelles d’Amakusa attaquent le château, mais celui-ci ne cède pas et les rebelles doivent se diriger vers Shimabara.
・Après la rébellion, Yamazaki Ieharu devient seigneur d’Amakusa et répare le château. Après une période de gestion par le magistrat Suzuki, c’est Toda Tadamasa qui prend en charge le château. Afin de réduire la charge de travail pour les habitants d’Amakusa, il détruit les deux enceintes principales et conserve uniquement la troisième enceinte, puis il quitte Amakusa.
・Le fief d’Amakusa est ensuite géré directement par le shogunat jusqu’à la restauration de Meiji. Pendant cette période, les bâtiments de la troisième enceinte du château de Tomioka sont utilisés par le magistrat envoyé du shogun pour administrer le fief.