萬聖堂是長崎的第一座教堂,建於1569年。這裡是它的遺址。(「萬聖堂」的日文名為「トードス・オス・サントス」,取葡萄牙文「Todos os Santos」音譯而來,意思就是「所有聖徒」。)
最初,日本第一位吉利支丹(自16世紀至明治時代日本的基督教徒)大名(日本封建時代的領主)大村純忠(1533-1587)的家臣「長崎甚左衛門純景」將這處遺址所在的土地賜給了路易士·德·阿爾梅達(Luis de Almeida,1525-1583),路易士原本是一名商人,後來成為了耶穌會的傳教士。1556年來到日本並寫下大量有關這個國家的著述的耶穌會神父加斯佩·維列拉(Father Gaspar Vilela,1525-1572),則將在這片土地上的佛寺改造成了教堂。自1590年代晚期開始,這裡先後出現過一座神學院、一所教會學校以及一處金屬活字印刷所。此外,在1602年到1605年間,當地還曾有過一間修道院。直至1612年有馬氏的領地「島原藩」摒棄了基督教,「有馬神學院」隨之搬到了這裡。
1620年,在幕府下令全國禁教的6年之後萬聖堂被拆除,以一座禪宗寺院——春德寺取代之。現存寺院建於江戶時代(1603-1868)晚期,但寺內水井的歷史被認為或許可以追溯至16世紀晚期或17世紀早期,當時教堂還矗立在此。