聖多明我教會遺址資料館位於一所外觀氣派的典型日式小學地下，有點不起眼的入口開在一條通往長崎歷史文化博物館的小路上。遺址地點隱蔽難找，但其考古價值非凡。
多明我會修士當年自菲律賓的馬尼拉來到日本，1602年在九州西部的下甑島建起了他們的第一座教堂。1606年，他們拆除原教堂，搬遷到了九州的川內。1609年，又再度拆除搬遷，建在了長崎，也就是如今遺址資料館的所在地。教堂為建在石頭基礎上的木結構建築，是這座城市裡最晚建成的教堂之一。1614年，日本政府頒布基督教禁教令，同時下令拆毀所有教堂，所以這座以多明我會創始人之名命名的聖多明我教堂，只存在了短短5年。
1990年代晚期，在重建這所小學時發現了教堂遺跡。為配合校舍下方資料館的修建，學校修改了設計方案。遺址現場設有架空的通道，走在上面首先看到的就是教堂地基，之後是一條伊比利亞風格的石板通道，道路右側設有排水渠，它們都屬於17世紀早期的建築風格。
17世紀，教堂原址上建起了宅邸，成為歷任四代長崎代官（地方政府長官）末次家的居所。18世紀晚期至19世紀晚期，擔任當地地方長官高木家又在此處建造了私宅。通道右側的水井，可追溯至高木家宅邸建成時期。
通道盡頭是一個小小的展覽區，出土物品中特別值得留意的是教堂屋瓦，瓦面上飾有花形十字架（鳶尾花十字架）。其他出自聖多明我教堂時期的展品還包括基督教像章、十字架、指環和玫瑰串珠等。
1663年，長崎經歷了一場嚴重的火災，因此展品中也包括了燒焦的盤子等器皿和經火後變成赤土色的灰色瓦片。此外，發掘過程中還出土了中國的茶杯、茶壺，荷蘭的錫罐、玻璃製品、盤子等許多日用品。