圣多明我教会遗址资料馆位于一所外观气派的日式小学地下，入口面对一条通往长崎历史文化博物馆的小路，很不起眼。遗址虽然相对隐蔽难找，但其考古价值会让人觉得不枉此行。
多明我会传教士当年自菲律宾的马尼拉来到日本，1602年，在九州西部的下甑岛建起了他们的第一座教堂。1606年，传教士拆除原教堂，搬到了九州的川内。1609年再次拆除搬迁，将教堂建在了长崎，也就是如今的遗址资料馆所在地。教堂为石头筑基的木结构建筑，是这座城市里最晚建成的基督教堂之一。1614年，日本政府颁布基督教禁令，同时下令拆毁所有教堂，这座以多明我会创始人之名命名的圣多明我教堂因此只存在了短短5年时间。
20世纪90年代晚期，这所小学重建时发现了教堂遗迹。为配合校舍下方资料馆的修建，学校修改了设计方案。遗址现场设有架空通道，从上面首先看到的是教堂地基，之后是一条伊比利亚风格的石板通道，道路右侧设有排水渠，这些都属于17世纪早期的建筑风格。
17世纪，历任四代长崎代官（地方政府长官）的末次家在教堂原址上建造宅邸；之后，在18世纪晚期至19世纪晚期期间担任本地地方长官的高木家族，同样选择这里建造了私宅。通道右侧的水井即可追溯至高木家宅邸建成时期。
通道尽头是一个小小的展览区。出土物品中特别值得留意的是教堂屋瓦，瓦面上饰有花形十字架（鸢尾花十字架）。其他出自圣多明我教堂时期的展品还包括基督教像章、十字架、指环和玫瑰串珠等。
1663年，长崎经历了一场严重的火灾，因此展品中也包括了烧焦的盘子等器皿和经火后变成赤土色的灰色瓦片。此外，发掘过程中还出土了中国的茶杯、茶壶，荷兰的锡罐、玻璃制品、盘子等多种日用品。