Cette prison a été construite en 1648 sur ordre du commissaire de Shogun à Nagasaki afin d’emprisonner les prisonniers spéciaux, notamment les étrangers. Les chrétiens de la prison de Suzuta y ont été également transférés, ainsi que les chrétiens arrêtés en 1657 avec la répression de Kori-Kuzure. Lors de celle de Koba-Kuzure en 1867, les chrétiens ont également été enfermés dans la prison réservée aux Chinois située sur le même site.