・Ce musée a été construit à Nishizaka, le lieu supposé du martyre de 26 chrétiens, parmi lesquels on comptait 20 Japonais, dont Paul Miki, et six missionnaires étrangers.
・À l’occasion des 100 ans de la canonisation de ces martyrs, Funakoshi Yasutake, un célèbre sculpteur japonais, a réalisé un mur en relief, et l’architecte Imai Kenji a dessiné une église construite à côté du musée.
・Ce musée présente toute l’histoire du christianisme au Japon, les débuts avec la diffusion de cette religion par le missionnaire François Xavier, la période de répression et de clandestinité, les 26 martyrs et enfin le renouveau de la foi chrétienne à partir de l’ère Meiji.
・Des objets d’une grande valeur rassemblés dans le monde entier sont exposés, notamment une lettre de François Xavier datant de 1546, une image de la Vierge de Pitié similaire à celle utilisée pour le fumi-e, ou encore une peinture de Notre-Dame-des-Neiges qui servait d’objet de dévotion pour les chrétiens cachés.