- 聖パウロ三木ら20人の日本人と、6人の外国人宣教師の日本二十六聖人が殉教したとされる西坂の地に建てられた資料館。
- 列聖から100年を記念して、日本を代表する彫刻家、舟越保武氏が造ったレリーフと、建築家、今井兼次氏が設計した記念聖堂に隣接する。
- ザビエルによる日本での布教から弾圧、日本二十六聖人の殉教、潜伏、明治以降の信仰まで、日本でのキリスト教の歴史を紹介。
- 1546年のザビエルの書簡や、踏み絵と同じ型のピエタ、潜伏キリシタンたちが信仰していた「雪のサンタマリア」など、貴重な資料が世界中から集まっている。