这块石碑为纪念葡萄牙船只的到来而立。所谓“南蛮”，在这里指的是“欧洲”。早在16世纪，口之津就已经是一个繁华的贸易港口了，从诸如“唐人町”这样的地区名称中可以看出，当时本地已不乏来自亚洲大陆的访客。葡萄牙商船于1562年首次开抵口之津，得到本地吉利支丹（自16世纪至明治时代日本的基督教徒）大名（日本封建时代的领主）有马晴信(1567-1612)的父亲有马义贞(1521-1577)许可，在当地开展贸易。此后，葡萄牙商船曾在1567年至1582年间5次落锚本港。除单纯的商业贸易之外，还与掌控岛原藩的有马氏建立起了包括资金借贷、武器供应等往来关系。1563年，由商人转变为耶稣会传教士的路易士·德·阿尔梅达(Luis de Almeida)在本地兴建教堂。1564年，早在1549年便随同圣方济·沙勿略（St. Francis Xavier, 1506-1552；最早将基督教传入日本的西班牙传教士）首次来日的日本传教团体负责人科斯梅·德·托雷斯(Cosme de Torres)选择口之津作为他的传教基地，港口的地位日渐重要。到了1579年，负责巡视亚洲传教活动的耶稣会东方总视察员范礼安神父(Father Alessandro Valignano, 1539-1606)同样选择口之津，作为召开日本全国外来传教士会议的地点。
这处南蛮船来航之地是长崎县指定遗址。因多年土地改造再开发，纪念碑最终定址于内陆地区。石碑周边曾经是一片开垦出的稻田，现在是一座公园。
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