長崎開港的隔年1571年，耶穌會傳教士菲格雷多（葡萄牙）在城鎮聚落的海角處建立了「岬之教堂（聖保祿教堂）」。
此外，在擴建新教堂時被豐臣秀吉下令而拆毀，之後也多次增建與改建，於1601年在長崎建造了最大規模的「升天聖母教堂（升天的聖母瑪利亞教堂）」、大約在同一時間建造了主教館和神學院等建築物，教堂成為日本主教入席的主教座聖堂。在此之前，1593年設立了日本耶穌會本部。
16世紀後期至17世紀初期，長崎建造許多的教堂，作為南蠻貿易中心，據傳其繁榮景象宛如「小羅馬」，但卻在1614年因德川幕府的禁教令，包含海角建造的教堂等所有的教堂都被破壞殆盡，不復見基督教的城鎮樣貌。
之後，分別在1633年設置長崎奉行所西役所、1855年設置海軍講習所、1857年設置醫學講習所，以及1874年設置的長崎縣政府（2018年搬遷），在此設置了世代傳承的重要設施。
在舊長崎縣府的官廳遺址上，豎立了「耶穌會本部遺跡」「奉行所西役所」「海軍講習所」的石碑，入口附近放置導覽告示牌介紹這三個設施。
※根據舊縣府官廳遺跡之埋藏文化財調查（～2025年度預定）狀況，也有可能會無法看到石碑的情形。
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