Après l’ouverture du port de Nagasaki en 1571, Melchior Figueiredo, un missionnaire jésuite portugais, a construit l’église Saint-Paul, aussi appelée église Misaki, sur un promontoire de la ville.
Plus tard, alors que des travaux d’agrandissement étaient en cours, l’église a été démantelée sur ordre de Toyotomi Hideyoshi. En 1601, après différents travaux d’extension et de rénovation, l’église Sainte Marie de l’assomption ainsi qu’un presbytère et qu’un collège ont été construits. Cette église, la plus grande de Nagasaki à l’époque, est devenue le siège de l’évêque du Japon. Depuis 1593, Nagasaki était déjà le siège de la mission jésuite au Japon.
Autour de la fin du 16e siècle et du début du 17e siècle, de nombreuses églises ont été construites à Nagasaki et la ville s’est fortement développée en devenant le centre du commerce avec l’étranger, si bien qu’elle a été surnommée la « petite Rome ». Cependant, avec l’interdiction du christianisme proclamée par le bakufu de Tokugawa en 1614, l’église construite sur le promontoire et presque toutes les autres églises de la ville ont été détruites et les quartiers chrétiens de Nagasaki ont disparu.
Dans les années qui ont suivi, des bâtiments importants de l’administration ont été construits dans ce quartier. En 1633, il était occupé par les bureaux de l’ouest de Nagasaki du commissaire du Shogun, puis y ont été construits le centre d’entraînement naval de la ville en 1855, l’hôpital de Nagasaki en 1857, et la préfecture en 1874 (elle a ensuite été déplacée en 2018). Des pierres commémoratives de l’ancien siège des Jésuites, des bureaux du commissaire du Shogun et du centre d’entraînement de la marine ont été dressées sur le site de l’ancienne préfecture. Près de l’entrée du site, des panneaux d’information racontent l’histoire de ces trois bâtiments.
*Les pierres commémoratives peuvent ne pas être accessibles en fonction de l’état d’avancement des fouilles réalisées sur le site de l’ancienne préfecture (les fouilles devraient durer jusqu’en 2025).