這片區域因明治時代（1868-1912）吉利支丹（自16世紀至明治時代日本的基督教徒）潛伏時期的歷史而被奉為聖地，但在許多年裡，這裡只有一座被稱為「祠」的微型石頭神社。第一座常見的木頭神社建於1938年。時值中日戰爭期間，被送上前線的男人們相信，出發前來到這座神社祈禱能夠保佑他們在戰場上免受傷害，而那些從戰場上平安歸來的人們則會來到這裡，進奉清酒酒器還願。如今的建築建於2003年，完全保留了這座神社最初的風貌。
前往神社的上坡途中會經過一對平坦的巨石，較低處的岩石下方有一處空洞，傳說是當年當地潛伏吉利支丹的活動場所，他們在這裡修習背誦禱文，並安排哨崗以躲避偵察。
這座神社最初是為標記聖胡安（San Juan）之墓而建，他是一名西班牙方濟各會修士，死於饑寒交迫，後被當地人安葬在這裡。聖胡安因是巴斯蒂安的導師而聞名，巴斯蒂安是一位出生於日本的傳教士，編撰了日本教會曆並預言了基督教禁教情形的終結時間。
如今的枯松神社內有兩座微型石頭神堂，位於中心的一座較大，可追溯至1933年；左側的一座較小是出自明治時代。
這個地方最初被稱為「聖胡安枯松神社」，「枯松」就是乾枯的松樹，但曾經生長在這裡的松樹已經全都被換成了樟樹。神社周圍的平地一度被用作吉利支丹墓地，如今被堆積成台階的扁平石塊有可能就是當年的吉利支丹墓碑。
山下的小墓園建成於1990年，裡面有一個家族墓結合了三種宗教的元素。一側是基督教墓碑表面裝飾著鍍金十字架，刻有墓主人接受西式洗禮時獲得的教名；中央的豎直安放的佛教墓碑上，則刻著亡者的法號；較遠處還有一座球根形的小墓碑，是道家式樣。
1999年以來，神社在每年11月舉辦多宗教融合的「枯松神社祭」，當地天主教徒、原吉利支丹與佛教徒全都會聚一堂，共同祈禱亡者安息、先人安寧，該祭典不對大眾開放。