・Ce musée se situe à l’intérieur de l’université catholique Junshin de Nagasaki.
・Il présente les résultats de recherches sur le christianisme au Japon et expose de nombreux documents en langues européennes du 16e et 17e siècle, notamment des rapport annuels des jésuites, mais également des documents et des objets japonais en rapport avec les chrétiens cachés et l’interdiction du christianisme, tels que des messages d’interdiction utilisés pour informer la population, ou encore des registres de fumi-e établis lors des recherches de chrétiens.
・Ce musée permet également aux étudiants en culture comparée (matière appelée communication culturelle depuis 2018) de faire des stages afin de devenir conservateur de musée.
・Le musée comprend une bibliothèque avec des collections de livres chrétiens et de livres sur l’histoire locale, ainsi que la collection Hisomura de livres sur la paix.