・오무라에 있는 최대의 니치렌종(日蓮宗, 일본 불교의 한 종파) 사원이며, 번주(藩主, 제후) 오무라 가문의 보리사이다.
・초대 번주 오무라 요시아키는 에도 시대 초기에 기독교가 금지되자 일찍이 기독교 신앙을 버리고 니치렌종에 귀의하였다.
・이를 증명하고자 건립한 사찰이 이 혼쿄지 절이다.
・건립 연대에 대해서는, 오무라 향촌기(郷村記)에 “게이초 7년(1602)”이라고 기재되어 있으나, 이 당시 영지 내에서 기독교가 전성기를 맞고 있어 사찰 신사를 재건하기가 거의 불가능한 것으로 생각되므로, 오무라 요시아키가 신앙을 버렸던 게이초 10년(1605) 이후에 착수하였고 게이초 13년(1608)경에 완성된 것으로 추측된다.
・혼쿄지 절은 오무라 영지 내 니치렌종의 본사(본부)이며, 영지 내에 8개 말사(末寺)를 가지고 있었다.
・니치렌종 신도는 전체 영지 주민 중 약 40%에 해당하는 4만 5,000명 정도 있었고 혼쿄지 절이 중심적인 존재였다.
・경내 묘지에는 역대 번주 묘비군이 숲의 나무처럼 늘어서있다.
・지금의 본당은 안에이 7년(1778)의 화재 후 덴메이 7년(1787)에 재건된 것으로, 약 200년 역사를 가진 오무라를 대표하는 에도 시대의 건축물이다.
・오무라 가문 묘소에는 역대 번주를 비롯해, 부인, 가문 성원 등 무덤이 즐비하게 서있다. 그 형태만 봐도 고린탑, 보탑, 각탑 등 다양한 형식을 확인할 수 있고 석조물로서도 매우 귀중한 유물이다.
・번주의 무덤에는 높이가 6m를 넘는 무덤도 보이는데 이는 오무라 가문이 그리스도 종교를 버리고 불교도가 됐음을 보여주기 위해 일부러 크게 만들었다고 해석하는 시각도 있다.