1614年,基督教傳教士的驅逐令頒布後,幕府本身也陷入了兩難境地,既希望繼續保持與葡萄牙的商貿往來,又想要確保沒有神父或宗教物品混進來流入民間腐蝕大眾。「出島」便是他們的解決方案。這是一座人造島,於1634年到1636年間建成。原計劃是:把葡萄牙商人集中在島上,與普通民眾隔絕;在這裡仔細盤查抵岸船隻的人員與貨物。
然而,就在出島建成之後的第二年(1637年),島原之亂爆發,令情勢脫離了軌道。儘管基督教只是起義的導火線之一,但幕府選擇將宗教問題視為叛亂的唯一原因。於是,自1639年起葡萄牙船隻在日本徹底遭到封禁,出島成了無人島。這為長崎的商人帶來了雙重打擊,因為他們不但在商業上依賴葡萄牙的物資供應,在此之前還出資在出島上建造房舍準備供給外國商人使用。他們遊說官方將原本設在平戶島的和蘭商館(即荷蘭商會)遷至出島,並於1641年獲得幕府許可。日本官方之所以能夠接受荷蘭人,是覺得他們更加務實。比起宣揚宗教信仰,荷蘭官方更重視商業貿易的發展。就這樣,直至江戶時代(1603-1868)結束以前,出島都是西方物資與文化知識進入日本的唯一管道。
如今,出島和蘭(荷蘭)商館遺址已被指定為國家史跡。