1614年，基督教传教士的驱逐令颁布后，幕府本身也陷入了两难境地，既希望继续保持与葡萄牙的商贸往来，又想要确保没有神父或宗教物品混进来流入民间“腐蚀”大众。“出岛”，便是他们的解决方案。这是一座人造岛，于1634年到1636年间建成。原计划是：把葡萄牙商人集中在岛上，与普通民众隔绝；同时在岛上完成所有抵岸船只人员与货物的盘查审核工作。
然而，就在出岛建成之后的第二年（1637年），岛原之乱爆发，情势脱离了掌控。尽管基督教只是起义的导火索之一，但幕府选择将叛乱的原因完全归结为宗教问题。于是，自1639年起，葡萄牙船只在日本彻底遭到封禁，出岛遂成空岛。这给长崎的商人带来了双重打击，因为他们不但在商业上依赖葡萄牙的物资供应，此前还出资在出岛上建造房舍，准备供给外国商人使用。于是，他们游说官方将原本设在平户岛的和兰商馆（即荷兰商会）迁至出岛，并于1641年获得幕府许可。日本官方之所以能够接受荷兰人，是觉得他们更加务实。较之宗教信仰，荷兰官方更重视商业贸易的发展。就这样，直至江户时代(1603-1868)结束以前，出岛便成为了西方物资与文化知识进入日本的唯一渠道。
如今，出岛和兰（荷兰）商馆遗址已被指定为国家史迹。
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出岛和兰（荷兰）商馆遗址
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长崎
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