這裡被認為是日本最早的神學院之一「有馬神學院」的遺址。負責巡視亞洲傳教活動的耶穌會東方總視察員范禮安神父（Father Alessandro Valignano, 1539-1606）於1579年來到日本，在為期3年的留日巡察過程中，他為掌管島原地區的大名（日本封建時代的領主）有馬晴信（1567-1612）施行了洗禮。然而范禮安的首要目標是為天主教在日本的傳播發展建立起一個完備而穩固的體系。可想而知，如果想培養一定數量的吉利支丹（自16世紀至明治時代日本的基督教徒），就需要更多的神父，而唯一的解決之道就是將日本本土吉利支丹培養為神職人員。范禮安共創建了兩所神學院，一所位於有馬本地（今長崎縣），另一所位於安土（今滋賀縣）。此外，他還在九州東部的大分建立了一所教會學校。
確定有馬神學院的確切位址是令後世學者頗為困擾的難題。一方面，因為當地地形自16世紀以來已經發生了變化；另一方面，則是受限於地圖——目前能找到的最古老的版本也是出自1640年代，不但時間上比神學院的建立晚了足足60餘年，而且地圖本身所提供的資訊也不夠詳細。從史料中只能得知一項：神學院的學生可以從學院步行抵達海邊。基於這一資訊，在長崎創建了「日本二十六聖人紀念館」的耶穌會修士、歷史學者迪亞哥·帕切科神父（Father Diego Pacheco, 1922-2008）推斷，有馬神學院的確切位置很可能就是這裡。
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