Le sanctuaire d’Okinokojima a été construit en 704 comme sanctuaire gardien des importantes routes maritimes avec la Chine. Depuis toujours, toute l’île de Nozaki est une terre sacrée dans le shintoïsme. Elle est vénérée par tous les fidèles des îles Goto. Au milieu du 19e siècle, des chrétiens cachés venus de Sotome sont allés s’installer sur l’île de Nozaki, probablement parce qu’il y avait peu de chances qu’ils soient suspectés d’être chrétiens s’ils venaient habiter sur cette terre sacrée du shintoïsme en tant que fidèles et serviteurs du sanctuaire.