타비라(田平)에 사람들이 처음 이주해 온지 100년째가 되는 해인 1986년을 계기로 성당의 스테인드 글라스를 새롭게 하고자 독일과 이태리에 발주하여 완성한 것이 바로 지금 볼 수 있는 스테인드 글라스이다. 1989년에 바꿔 설치한 2층 스테인드 글라스는 독일 이잴사가 제조한 것으로 선이 가늘고 섬세한 그림이 특징이다. 특히 중앙 제대 상부에는 나가사키(長崎), 니시자카(西坂)에서 순교한 「일본26성인」이 그려져 있다. 1층 부분은 1998년에 바꿔 설치하였는데, 이태리 알렛산드로 글라씨츠사가 제조한 것으로 그 색채의 아름다움에 반한다. 낮에 성당 안으로 들어오는 스테인드의 색감도 좋지만 밤에 성당 안에서 스테인드 글라스를 통해 밖으로 빛이 나가는 광경도 또한 멋이 있다. 운 좋게 밤에 미사나 드릴 때 찾아가면 볼 수 있을지도 모르는 귀중한 빛이다. 참고로 원래 성당이 건설되었을 때 설치되어 있던 스테이드 글라스는 아름답게 리메이크 돼서 시코쿠(四國) 지방 카가와현(香川縣)에 있는 타카마츠(高松)성당에서 볼 수 있다.