浦上教会の鐘が『長崎の鐘』と称されるようになったのは戦後のことである。

もともと旧教会にも二つの塔（聖楼ドーム）があり、右側の塔に小さな鐘、左の塔に大きな鐘があった。鐘はともにフランス製で、朝夕の時を告げていた。しかし、原爆により双塔は崩壊して落下（左の塔は川縁に落ちたまま被爆遺構としてその場に保存）、中にあった鐘も一瞬にして吹き飛ばされた。

終戦直後、当時浦上信者の救済にあたっていた永井隆（ながいたかし）博士は、瓦礫（がれき）の中から二つの鐘を見つけた。小さい鐘は割れていたが、大きい鐘は無事であった。博士は、原爆で打ちひしがれた信者を奮い立たせようと、この鐘を鳴らすことを決意。さっそく丸太を組み、鐘をチェーンでつり下げ、終戦から4ヶ月後のクリスマスの日に戦後初めて鐘を鳴らした。博士はこのとき、「新しき朝の光のさしそむる　荒野に響け長崎の鐘」と詠んだ。これが『長崎の鐘』の由来である。その後、永井隆は原爆体験を元にした随筆『長崎の鐘』を出版。同年、その作品をモチーフにした曲を藤山一郎（ふじやまいちろう）が格調高く歌いあげ大ヒット。戦後の長崎のみならず日本人の心を勇気づけた。

現在もこの鐘は双塔の一つにつるされ、一日に三度、浦上の丘に鐘の音を響かせている。