大浦天主堂を彩るステンドグラスは、時代ごとに修復されたものを合わせると３種類が混在している。現在のステンドグラスのほとんどは、1879年の改築のときに作られたものだが、1945年、原爆の爆風を正面から受け、入り口の上部分と祭壇奥が割れたため、一部が修復された。また、1990年に発生した台風の被害により、小規模な修理が行われたという。ステンドグラスは色や形が同じでも、製法上まったく同じものを作ることはできない。その一枚一枚に天主堂の歴史が刻まれている。