일본에서는 에도(江戸)시대에 엄중한 탄압으로 1644년 이후에는 신부도 없어지면서 그리스도교의 맥이 완전히 근절되고 만 것으로 생각되었었다. 그러한 일본의 상황을 알게 된 로마교황은 다시 일본에서의 선교 활동을 시도하게 되었던 것이다. 그 임무를 맡게 된 파리외방전교회(La Société des Missions Etrangères de Paris) 선교사는 유구(琉球)에 머물면서 기회를 노리고 있었다. 일본이 에도(江戸)시대 말기에 구미 국가들과 화친조약, 그리고 통상조약을 맺음으로써 개항하자 외국인이 거주할 수 있게 된 거류지에는 거류 외국인을 위해 성당이나 교회를 건설할 수 있게 되었다. 선교사들은 혹시 천주교 신앙을 지켜 온 신자를 만날 수 있을 지도 모른다는 기대를 품었다.

1862년에 요코하마(横浜)에 개항 후 최초로 성당이 건립되었다. 그 때 성당을 한번 보고자 모여든 일본인들이 체포되는 사건이 일어났다. 개국했다고는 하지만 일본인에게는 여전히 그리스도교는 금지되어 있었던 것이다.